Τα POP3 και IMAP είναι πρωτόκολλα που λαμβάνουν email από έναν server και τα μεταφέρουν σε email client (π.χ. Outlook). Ο τρόπος που το επιτυγχάνουν αυτό είναι διαφορετικός ανάλογα το πρωτόκολλο, συγκεκριμένα οι διαφορές στις λειτουργίες τους αναφέρονται παρακάτω.

Λειτουργία IMAP: Σύνδεση email client σε mail server >>  αντιγράφει τα emails από τον server >> τα emails αποθηκεύονται προσωρινά τοπικά >> ότι αλλαγές κάνει ο χρήστης συγχρονίζονται με τον mail server (π.χ. να μαρκάρει ένα mail read/unread, να διαγράψει ένα email) >> Κλείνει τη σύνδεση με τον server.

Λειτουργία POP3: Σύνδεση email client σε mail server >>  παίρνει τα emails από τον server >> τα emails αποθηκεύονται τοπικά >> διαγράφονται τα email στον server >> Κλείνει τη σύνδεση με τον server.

Σημείωση για το POP3: οι περισσότεροι email clients δίνουν την επιλογή στις ρυθμίσεις να διαγράφονται τα email στον server έπειτα από κάποιες μέρες αντί να διαγράφονται επί τόπου αφού τα κάνει retrieve ο email client.

Γενικά, προτείνεται η χρήση IMAP και παρακάτω σημειώνονται οι περιπτώσεις που το IMAP υπερτερεί έναντι του POP3:

- Εαν επιθυμείς να έχεις πρόσβαση στα email σου από πολλές συσκευές.

- Εαν τo local storage σου είναι περιορισμένο.

- Για να μην ανησυχείς σχετικά με τα backup των email σου.

Η ορθή λειτουργία του IMAP προϋποθέτει να υπάρχει καλή και αξιόπιστη σύνδεση στο internet.

To POP3 είναι κατάλοιπο της εποχής που η σύνδεση στο internet γινόταν με dial-up, υπάρχουν σενάρια που μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε POP3 όπως αυτά που σημειώνονται παρακάτω:

- Αν ο χρήστης έχει πρόσβαση από μία συσκευή ΚΑΙ ο server έχει περιορισμένο storage.

- Αν ο χρήστης δεν έχει καλή και αξιόπιστη σύνδεση στο internet ΚΑΙ θέλει να βλέπει τα email του χωρίς να έχει απαραίτητα σύνδεση στο internet.